就在莫子布紧锣密鼓准备西征的时候，西域准部（北疆）和回部（南疆）的动乱已经开始趋于缓和。
这是因为挑起动乱的一方，也就是勾结浩罕汗国的回部叛民，他们能延伸的力量，已经基本到达了极限，
此前，在殛灭准部以后，满清对西域的统治还是很有章法的。
在封爵方面，满清设立了哈密札萨克和硕亲王，吐鲁番、库车多罗郡王、阿克苏多罗贝勒（享受郡王待遇），拜城、何阗、乌什等三部辅国公以及一个乌什回部轻车都尉。
在地方具体城市治理上，又在阿克苏、乌什、叶尔羌、喀什等地设立三品阿奇木伯克到六品伯克，人数约为三十八人左右。
同时，各大城市又设立驻回部大臣或者军将，招募回部人作为绿营兵等等。
这三机构互相交叉，封爵是区域部族首领，还有一定的宗教权。
伯克是当地本城市管理者，但只能管回部百姓，不能管汉蒙西僰等民族。
驻回部大臣则不但管理汉蒙等百姓，还可以监管伯克，掌握驻军。
这种管理制度，比汉唐时期士兵只在大城市驻扎和周边屯田，下面完全依靠本地王公，又高明了不少。
不过，满清在西域统治的压力之大，却又是汉唐所没有的。
原因就是汉唐时期，不管是西汉面临的贵霜帝国，还是大唐面临的昭武九姓，甚至之后扩张到河中的大食帝国，他们都很难对汉唐帝国造成满清时期这样大的宗教压力。
昔日匈奴与突厥虽然强大，但都没有对西域诸国完成宗教控制，唯有如今，河中对西域的宗教影响是极为强大的。
哪怕浩罕的安集延人蔑称回部为‘十回回不如一安集延’，带着一种老大哥，甚至老爷的姿态看回部人，但回部人仍然接受。
原因就在于回部人认为，他们与武吉别克人是同族，武吉别克人没有受外族（中央政府）统治，又居住在和卓（圣裔）传经布道之地，本来就比他们高贵。
而回部人要回归自己族群，变得跟武吉别克人一样高贵，那就只有摆脱异族统治，追随圣裔和卓建立一个政教合一的政权，最后把真主的声音继续向东传播。
用这种功绩，来使自己变得高贵。
这就是清代回部人的中心思想，也是历史上他们叛乱丛生的最基本的原因。
当然，还有另一个原因，那就是跟着中央王朝也没什么好处。
你统治他，不统治他，他的日子都是那样，那自然就更希望和自我以为的同族在一起，或者建立一个自己的国家了。