任官之事，文归吏部，武归兵部。具体来说，就是吏部文选清吏司掌文官班秩迁升、改调之事，而兵部武选清吏司则负责卫所、土官选授、升调、袭替、功赏之事。锦衣卫虽然是亲军卫，直属于皇帝而不属于五军都督府体系，但总归也是卫。既是卫，那么其内部武官的选调、升降便归兵部管。
换言之，锦衣卫指挥使司虽然可以通过直接影响皇帝本人，而在本卫官员的任免上享有不同程度的话语权，但其并不真正掌握锦衣卫武职官员的任免权。
如果是个别官员的升转改降，指挥使司尚能通过上疏推荐或弹劾实现，像东司房、西司房、街道房以及南镇抚司的主官，和部分坐堂的佐贰官就是这么下来、上去的。但想要实现这种裁六留三升一的换血式的改组，指挥使司就必须和兵部沟通合作了。
裁撤相对容易。
皇帝已经派人给兵部和兵科那边打了招呼，而且这两个衙门，尤其是兵科，对在京很多品行低劣或者成天只想着混日子的坏官、庸官早已经高度不满了，在先帝朝时就多有劾驳，只是懒王万历向来轻视科道，诸事不报。现在，皇帝开了金口，要全面“荡涤”锦衣卫。两兵自然乐见。
所以指挥使司这边，只需要把请求革某人职的文书发给兵科走个驳正的过场，兵科盖过印拿给兵部，兵部那边再把人名从官员的名册上拿掉，就可以给官员下达正式的革职通知了。
不过，补缺就不是一纸文件能够搞得定的了。
骆思恭能向皇帝推荐三房一司的高级官员，但不可能也不敢用一纸名单就把数以百计的中低级官员扔给皇帝任命。这纯属给自己招忌。就算皇帝暂时没反应过来，兵部和兵科也绝不会允许他这么做。
骆思恭不用深思都知道，自己要是真敢写一道奏疏列一份名单，那么内阁对这道奏疏的票拟意见一定是驳回。而且当天科道官就能上本子把他给淹了。
专擅、逆谋的帽子铺天盖地地往他的脑袋上堆垒，就算是平庸的君主也会再三思虑，更别说面前这个心眼儿比手下的奸臣还多的皇帝。因此，骆思恭只能让海镇涛和兵部武选清吏司的两位郎中一起，慢慢儿的考核补选，而他自己则在沟通出现问题时亲往兵部与本兵崔景荣勾兑。若是兵科不驳，那么他们平均一到三天能把一个百户所的官缺给补全了。
这个效率不算高，因为即便不论锦衣卫下辖的杂事衙门，或者由锦衣卫代管，挂着少量锦衣卫官缺的衙门，比如司礼监礼仪房在东安门外设立的分房。就只论前、后、左、中、右等核心五所，那也足有五十个百户