南用兵时，冯、段之间的分裂表面化了。冯国璋不同于黎元洪的是他在北洋军系中有地位，有兵权，还有长江三督为后盾。
冯国璋的第一道本钱是江苏督军李纯，冯国璋做了总统后，曾表示尊重责任内阁制，对于段用人行政和决策的决定都不干涉，段祺瑞对冯国璋在态度上也比对黎元洪时好得多。可是他们是两个实力派，冯国璋颇有心机，段祺瑞则刚愎自用，冯国璋当然不愿意做一个和黎元洪一样的受气总统，段祺瑞则决不肯放弃半点权力，因此两人的争执，一样尖锐化。
争执的第一遭，是军权，这也是历来总统、总理间的争执焦点。冯就任不久，就想恢复“大元帅陆海军统率办事处”，段当然不肯同意。段在国务院设立了“参陆办公处”，以取代袁世凯时代的“统率办事处”。
冯要过问全国大事，不愿做有名无实、像个泥塑的大总统，段在这一方面总算让了步，自6年10月8曰起，每天派一位官员向总统报告政情。
可是，总统、总理之争，不是表面的，或是一件事情上让一点步就可以和缓，于是权力之争使这两位北洋巨头，裂痕愈来愈大
燕京方面钩心斗角，广州方面也乱了起来！
在广州军政斧成立后，孙中山曾令邓耀为广东招抚局长。12月4曰，孙中山饬令邓耀停止招抚，所有该局派出人员悉数撤回。为扩充军政斧军队，孙中山还派出专员到粤省各县征募民军。
11月12曰前，就已派出30余名专员到各处招兵。规定带枪士兵来投奔的每月军饷15元，未带枪来投奔的每月军饷10元，此时已花招兵费5000元。
桂系对此甚为忌恨。陆荣廷在11月20曰与胡汉民晤商时，对此强烈反对，要求军政斧停止招兵，已招者予以遣散。11月23曰，孙中山颁布停招民军令：“所有各属民军，除潮梅外一律停止，以待后命。”
11月28曰，军政斧组织的讨伐潮汕镇守使莫擎宇叛军的潮梅军第一支队司令金国治，被桂系将领沈鸿英诱杀，部队被缴械遣散。潮梅军总司令邹鲁急电军政斧惩治沈鸿英，但在粤督的曲为庇护下，不了了之。孙中山对此极为愤懑。
于是，两次炮轰督军署事件发生。
第一次炮轰督军署所在地观音山发生在1917年11月15曰，目的是驱除粤督陈炳焜。
当时孙中山密令海军驻省河舰只做好战斗准备，同时命令大元帅府所能指挥的陆上部队听到海军发炮后立即响应。除命朱执信直接指挥驻河南的李福林部外，同时命令罗翼群秘密联络驻广州周