实际上问题哪有这么简单，从每家每户的归户由帖到朝廷的归户黄册，还有很多问题要处理，如人地异处如何归户、粮少不能自立户者如何归户、土地归户所需工本费等问题，这些问题海瑞、杨继盛、朱文科等人都做了详细的规定。
对于一号土地有多个业主的情况下，就会出现分亩归户票或分税归户票，官府会给田产的所有人分发多份归户票，这既保障了业户土地所有权，又保证了朝廷赋税的清晰。
而对于畸零户，由于无法单独立户，海瑞建议将一县之内的畸零户单独成册，以便朝廷征收赋税，也防止其他的地方势力欺压这些畸零户。
同时一个比较严峻的问题就是人地异处应该怎么处理，因为这种人地异处给朝廷的土地税粮的归户工作带来很大挑战，海瑞和杨继盛等人经过商量之后，认为应该将人地异处分为两种情况，寄亩和寄立，田在此粮（人）在彼为寄亩，其归户则需要在土地所在图甲开列归户票，填明该号土地应纳税额及业主所在图甲。粮（人）在此田在彼为寄立，其归户则需要在业户所在图甲开列归户票，载明该号土地亩数及土地所在图甲。
这都不难，关键是赋税的征解问题，是以人为依据还是以土地为依据，海瑞等人认为，土地是不会变动的，还是要按照土地所在的行政单位征缴赋税，所以海瑞、杨继盛等人经过商量之后再奏疏中认为：寄户寄立之米需要移附所寄之图，也就是说一户若在多个图甲占有土地，即拥有多个图甲的归户册，田赋亦在土地所在图甲缴纳。
海瑞等人将此法取名为顺庄法，不论业主、土地坐落何处，以图甲为单位，编造归户黄册，立户完粮。即使出现跨庄的土地买卖情况，只能在本庄（图甲）攒造归户册，不可将土地推归外庄，即一户土地分散于多庄则有多庄的归户册，同时也向土地所在的衙门缴纳赋税，这样更有利于朝廷的赋税征收。
还有一个重要的问题就是修订归户黄册和测绘舆图的经费从何而来的问题，海瑞等人都是长期在基层州县担任正印的官员，对于地方的弊病是了解的很清楚的，他们知道，衙门小吏往往利用修订黄册和变更土地时的机会，勒索百姓，册书在土地买卖归户时，往往多方索取规费，以致业户地去税存，朝廷税收亦有缺额。
所以海瑞等人建议，这笔钱粮由地方和朝廷共同承担，不向百姓收取分毫，同时张榜公示，只要由吏员在黄册的修订过程中借机向百姓勒索钱财，百姓立即向州县正印举报，一经查实，奖励缅甸或哈密户籍一份。
朱载坖和重臣们商议之后认为，海