从一年招收四百人增加到八百人，现在国子监算学可是热门专业，算学毕业的生员，可以直接被授予流外一等吏员，只需要等待考满之后参加吏部组织的吏员考选就行了，而且有国子算学出身的吏员，很容易就通过考选，从流外经制吏专为流内官，而且一旦转为流内官，就可以调任户部、甚至都察院审计司这样的实权衙门，出路非常之好，所以报考人数非常之多。
除了增加国子算学的招生人员之外，朱载坖还要去鄢懋卿、王国光等人组织编写教材，教授朝廷内部的吏员学会新式记账法，全面推开新式记账法。
而借着这次大计，朱载坖也在进行官员们的调整，朱载坖首先调整的就是总督河漕衙门，现在高家堰筑成，剩下的就是继续加固地方，而朱载坖担心的黄河河南段频繁的出现各种水患，所以朱载坖将原本的总督河漕衙门分开，还是分为总督河道和总督漕运衙门。
潘季驯以工部尚书兼右都御史总督河道，驻节开封，负责黄河河南段的治理，朱衡以工部尚书总督漕运，驻节淮安，负责运河相关事务。
同时经由张居正的密疏推荐，任命原巡抚河南右副都御史郭朝宾为工部尚书，这位也是心学门徒，和徐阶、李春芳、赵贞吉都关系非常之紧密。除了这些事情之外，朱载坖还在思考内阁的权限问题。
现在的内阁是大小庶务，无所不管，权力是非常之大的，不管首辅是否兼领吏部，现在内阁已经是势压六部了，成为了六部的上级，朱载坖认为这无可厚非，内阁要负责协助皇帝处理政务，没有权力可不行，但是朱载坖对于内阁权力的过于宽泛，还是有些看法的。
朱载坖认为应该对于内阁的权限做一些限制，主要是有关军务的事情，朱载坖认为不应该由内阁决定，这是皇帝最重要的权力之一，绝对不能落于他人之手，同时朱载坖对于现在大明的指挥体系也是极为不满的。
在现行体系下，从兵备道到督抚然后是兵部，最后到内阁，已经形成了一个完整的由文臣主导的指挥体系，无论是勋臣武将，还是作为大明最高军事机关的五军都督府，都已经被排除在了这个指挥体系之外，大明的军政，完全由这些文官们把持了，这是朱载坖所不能容忍了。
之前朱载坖故意将清理军籍的事情交给了五军都督府，就是为了开始恢复五军都督府的权力，为重新组建大明的指挥体系做准备。
但是朱载坖现在需要一个引子，作为开启改革的借口。
谭纶和戚继光很快为朱载坖提供了这个借口，新任兵部尚书总督蓟辽大宁等处军务事谭纶上疏