相反，鸳鸯阵还是蛇阵的克星。鸳鸯阵本就是戚继光针对倭寇研发的战阵，将倭寇的各种战阵都克的死死的。
鸳鸯阵前面两人持长牌、藤牌推进，同时掩护战阵；再二人为狼筅手执狼筅，以四、五米长的狼筅刺杀倭寇以掩护盾牌手的推进和后面长枪手的进击，接着是四名手持长枪的长枪手，左右各二人，分别照应前面的盾牌手和狼筅手；再跟进的是两个手持镗钯、腰挎短刃的士兵担任警戒、支援等工作。如敌人迂回攻击，后面的短刃手即持短刀冲上前去劈杀敌人。鸳鸯阵首尾互相掩护，根本就不怕倭寇的蛇阵首尾攻击，还怕倭寇不来呢。
不过，城墙上的青壮百姓方接触鸳鸯阵，且个人武力远逊于倭寇，前排青壮手持盾牌倒不怕蛇头倭寇的攻击，可是后排手持长刀、担任警戒、支援的青壮百姓，不是突击过来蛇尾倭寇的对手，不能有效的承担起保护后排的重任。
在倭寇组成蛇阵后，城墙上青壮百姓开始处于下风，死伤增多了起来。