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但是最后，花莲的雨水过多使得此地落选了。雨水过多造成当地的环境不适合大规模移民。日踞台湾期间曾经打算向花莲移民建立农业屯垦区，最后因为气候和疾病的关系最终失败。
最后列入考虑的就是屏东、高雄一带了。此地正在台湾岛相对适宜居住和农业耕种的台南平原上，高雄有港口，尽管当时的港口未经过整治，无法停泊大船，但是停泊千吨级以下的帆船还是能做到的。
屏东、高雄以南是山区，以北是荷兰人的势力。目前荷兰人和元老院有商业协议，双方保持着一种“和平”的商业合作关系。荷兰人即无实力，也不敢冒着得罪大供货商的危险来攻打屏东、高雄的中转基地。荷兰人还可以起到隔离郑芝龙的作用。况且以郑芝龙目前在福建沿海的忙碌火并的状况来说，他也不见得有空来对付“髡贼”。
“我们把浙江移民运到高雄屏东，不但可以有一个合适的地点进行检疫净化，一部分人还可以就地开展农业开发。嘉南平原是台湾最好的农业生产区，不论日照、雨水还是土地都是上等的。我们完全可以以大型农场的方式进行集约化开发，比在海南这里小农经济据多的生产环境要好得多了。对我们的农业生产来说将会是个飞跃性进步。可以大幅度改善我们粮食基本要靠进口的局面。”罗铎在力陈以高雄为基地的好处的发言结尾如是说。
“郑芝龙要对我们不利怎么办？他的老窝可就在福建。”有人提出了异议。郑芝龙把福建视为老巢，他又有官身，势力不容小觑。
“我们没必要害怕他的帆船舰队。1631年底，我们的854改和第一批901完工之后，我们的舰队在台湾海峡就是神一般的存在。将蒸汽机舰队前进部署到高雄，对通过台湾海峡的我方船只进行区域护航。”海军的参谋李迪说道，“我海军在海南岛周边直至港岛有充分的制海权。蒸汽机舰队进驻高雄，即可威慑福建、浙江沿海的各股势力不敢轻举妄动。保证北上济州岛，南下港岛的安全。”
具体措施是组建两支分遣队。以854改和4艘901为核心的台湾分遣舰队驻泊在高雄，负责监视浙江、福建、广东沿海。重点是保证台湾海峡的“自由航行”。护送运输船队通过。以3艘901为核心的登莱分遣舰队驻泊在济州岛，随时对山东沿海和渤海湾地区执行干涉任务。
除了混合动力战舰之外，分遣队还编入若干经过改装的大吨位的风帆战舰。两支分遣队的战舰采用分区护航的方式，运输船队在航行途中结队航行，每艘运输船都配有足够的自卫火力。