接下来会就任登莱巡抚。
他收容皮岛叛兵孔友德等人，并对其信任有加，导致后来的吴桥兵变，登州失守，山东之地几乎糜烂。
后来朝廷不得不调关宁军，才迫使孔友德等从海路逃走，投降建奴，建奴因此有了制造火炮的能力。
孙元化造大炮抗击建奴，结果却成建奴向大明攻击的利器。
孙元化被俘，自杀未死，被叛军放归，次年被处死。徐光启道明来意：“初阳研究云真人的科学著述，尤其是《初等数学》，沉迷其中难以自拔，数日不眠不休，以云真人为天人。因此拜托老夫，带他前来登门求教，失礼之处，云真人切莫见怪。”
云逍笑了笑。
他们哪里是来求教的？
分明是徐光启想找机会，把他的弟子推荐给云逍，希望得到重用。
不等云逍开口。
孙元化直视云逍，问道：“草民斗胆，有不解之处请教云真人。”
云逍点点头，“请讲。”
“我大明国事艰难，华.夏文明也趋于没落腐朽，唯有西洋文明、科技，方能挽大厦于将倾。”
“云真人极力推行西洋科学，却又尽灭西洋传教士，自断科学之路。草民深为不解，还请云真人解惑！”
孙元化目光炯炯，盯着云逍问道。