由体内的各种器官组织分解吸收同化为符合灵魂震动频率的能量，被灵魂及大脑所掌控。
见到此等场景，女娲娘娘不再迟疑及继续研究，随即模仿着玉皇脑海中的组织构造，为手里的黏土躯体捏制了大脑、小脑、间脑以及脑干，顺着大脑的分布及运行开始捏制神经脉络及骨骼，骨骼的捏制就比较简单了，因为女娲娘娘亲手将玉皇头顶的两只大角融入玉皇体内为他构造了身体的骨骼系统，所以现在捏制骨骼可谓轻车熟路。
只见女娲娘娘取出一团柔软的黏土，动用天火之力慢慢烤制这团黏土，黏土在天火的燃烧下逐渐碳化，变得黝黑，并散发出了一股气味，见状女娲娘娘连忙收起了天火，并用水属性能量清洗掉了黏土表面的碳黑化物质，将其收集了起来，而除掉了黑化物质之后的黏土呈现出一种乳白色的硬质钙化组织。
这种钙化物质是如何形成的呢？原来是女娲在烧制黏土的过程中，上古世界空气中的碳元素，氧元素，钙元素、氢元素、磷元素和其他微量元素在热能的作用下融入到了这团黏土之中，使之钙化，形成了羟基磷酸钙，从而呈现出了硬质的钙化骨骼组织。见此情况，女娲连忙将这块乳白色的骨骼组织按照玉皇体内的骨骼形状进行分解重组，分成了三大种类，分别是颅骨、躯干骨、四肢骨，共计二百零六块。
其中颅骨由八块脑颅骨、十五块面颅骨和六块听小骨构成，共计二十九块，脑颅骨围成的颅腔保护着大脑及大脑中的灵魂，这些骨骼都是固定的，且不能移动，仅有下颌骨能活动。其余的骨都连结得很紧密，不能活动，这样有利于保护大脑、眼睛等器官，此外两侧中耳内各有三块听小骨。
躯干骨包括脊柱、肋骨和胸骨，共计五十一块。此刻的玉皇为成年人，所以女娲娘娘在铸造脊柱的时候是由二十六块椎骨构成，椎骨上有椎孔，全部椎骨的椎孔连在一起构成椎管，里面有灵魂能量所形成的脊髓。椎骨自上而下有七块颈椎，十二块胸椎，五块腰椎，五块骶椎合成的一块骶骨和四块尾椎合成的一块尾骨。
四肢骨包括上肢骨和下肢骨各一对，共计一百二十六块，一侧的上肢骨由一块肩胛骨，一块锁骨，一块上臂骨(肱骨)，前臂骨(桡骨、尺骨)二块和手骨(腕骨八块、掌骨五块和指骨十四块)二十七块组成，两侧上肢骨共六十四块。一侧的上肢骨由一块髋骨，一块大腿骨(股骨)，一块膝盖骨(髌骨)，小腿骨(胫骨、腓骨)二块和足骨(跗骨七块，跖骨五块和趾骨十四块)二十六块，共三十一块组成，两侧下肢骨共六十二块。髋骨、骶骨和尾骨