模式显然无法长久，问题是会越积越多的，修补系统错误带来的可能是更多的错误，必须有一个方法定期对系统进行“大清洗“并重新启动。
（试想一个充满bug的游戏服务器，这个服务器从来不停机维护）这就是大家一再提到的“matrix升级“，但是麻烦的是连接在matrix上的无数人类生命显然是无法重新启动的，这时对人类情感世界已经有相当了解的matrix找到了一个“最经济“的方案，那就是反过来利用错误来消灭错误，并利用错误创造重新启动系统的机会，这个完美的计划就是电影黑客帝国三部曲的全部内容。
以下是我按照电影的情节对这个计划的推理。
这个计划的开端是设立zion（锡安）这个人类觉醒者的收容所，由于对人类觉醒者的杀戮往往导致更多人的觉醒，与其如此，不如把这些觉醒者踢出系统，并且统一监管起来，zion与其说是人类自由的乐土不如说是一个大监狱，为什么这样说，要知道zion是matrix派出的人建立的（位置matrix当然是早知道的），而这些人理所当然的成为zion的领导层，所有人实际上是在matrix控制的人监管之下。由于人类是有繁殖能力的，zion的扩张也是必然的，为了防止zion因强大而失去控制，所以matrix要定期毁灭zion（举手之劳而已），而这个过程和matrix的升级计划合二为一。
第二步是创造一个人类觉醒者所崇拜的“先知“，由于matrix对人类长期的研究发现，人类是非常迷信的（人类把这个称为信仰），对“奇迹“还是“圈套“缺乏理性的判断力（有些看电影的人还一直坚持认为先知是在帮助人类.....连看电影的人都被迷惑了....），先让先知给那些“反抗军“少许“甜头“，然后就可以把这些家伙在matrix里的行动也控制起来。
实际上电影里无论墨菲斯还是neo（尼奥）所有的行动都是那个先知提示的，他们在有所行动前已经习惯性的要到先知那里去“批命“，这种精神控制的手法其实一点也不新鲜，人类社会的邪教组织一向都是用这样的手法，区别是邪教一般是用一些小骗术来骗取他人的信任，而这个先知是通过高速电脑事先计算出未来事件的发生（所以这些事都不是一定会发生的，是需要先知这样的角色来引导或诱发才能达成的）来取得人类的信任。
第三步就是给这些zion的人类创造一个虚幻的希望“theone“（救世主），也就是电影中的主角neo，他还有一个