“在很久很久以后，在一个机器的国度里……”
一场惨烈的人机大战后，机器最终占领和统治了地球，把人类当做能源的提供来“种植“；与此同时，为了维系人类的繁衍生息，确保能源产量的稳定，机器通过某种机器向人类提供精神生活的假像，这就是matrix（矩阵）。抛开计算机原理不谈，这里面有两层含义，一，matrix是机器的机器，用于生产能源，一如人类生产粮食所使用的工具；第二，matrix得以实现的原因是基于所谓的人类“意识论“（可参考网上各种关于帕拉图哲学的解说）。
matrix做为生产工具，唯一的衡量标淮是生产效率的提高。thearchitect（架构师）设计的第一代matrix是按人类理想设计的一个完美的世界，原以为人人会安居乐业，但却不想由于人类的劣根性，导致人类（或称“粮食“）大量坏死，于是，thearchitect只好按照人类的实际情况设计了一个与现实相符的世界。
即便如此，人类天性中独立、自由的意识仍然不能泯灭。于是matrix之父thearchitect与matrix之母oracle（先知）合作，把一种“假想“的选择权赋予人类，让人类以为进出matrix是自己“自由“选择的结果，这就是zion的由来。可zion的五次重建与五次毁灭，证明了人类仍然被一种循环论所控制；
此外，机器也找到一种通过与人类生生不息的抗争意识做斗争的方法，不断改良和升级他们的“粮食“生产工具。（这个过程，一如人类与土地斗争的历史，直到生产工具的改进和剩余产品的出现，人类才摆脱了土地的束缚，诞生了辉煌的文明。具有ai智能的机器也是通过不断改良生产工具来追求自己的机器文明的--机器正重走着人类文明发展的必由之路。）
这，也算是人与机器之间一种和谐共存的良性互动关系，只是其原则由原来人类居统治地位的“人类中心论“变成了机器占领地球后的“机器中心论“而己。在哲学意义上，这两个命题是等值的，或者直截了当地说是同样错误的--即然“人类中心论“导致人类盲目狂妄自大，漠视机器的存在，最终走向自我灭亡，那么“机器中心论“也将同样导致机器自身的毁灭。
导演沃卓斯基兄弟的想象力从这里开始展开：机器国度内的统治莫非也和人类社会一样，有国王deusexmachina（机器大帝）；有当权的统治者thearchitect，其维护matrix秩序的统治原则就