16师团相比，马铮所部不管是在兵力上还是在火力上都远远不如。更不要说第十六师团还是有第26师团、独立混成第二旅团、骑兵集团以及大量的伪军配合作战。
不过马铮对于第16师团的到来也有一点小激动，为什么呢，因为这个师团可是制造南京大屠杀的元凶之一。第16师团之所以在中国如此的出名，一方面是因为其辉煌的战绩，另一方面便是其残暴的行径。
在向南京进军的途中，该师团由于进军速度太快，补给跟不上，便下令就地“征收”粮秣，所谓“征收”，实际上就是掠夺。更加骇人听闻的是，在进军南京途中竟然开展“百人斩”杀人比赛，这便是当时被日本《东京日日新闻》等报纸大肆宣扬的所谓“百人斩”。
此事具体是发生在从无锡向常州追击过程中，该师团第十九旅团步兵第九联队第三大队副官野田毅少尉和大队炮小队长向井敏明少尉，相约在到达南京时，看谁先用日本刀斩杀满100人。
此后，两军官开始大肆斩杀，在到达南京城外的紫金山时，野田毅斩杀了105人，而向井敏明斩杀了106人。由于不能确认谁最先杀够100人，所以决定重新比赛。
除了这些暴行之外，第十六师团最严重的暴行是发生在攻占南京之后。
1937年12月13日凌晨，第十六师团步兵第二十联队占领了中山门。当天，该师团第三十三联队和第三十八联队在轻型装甲车的配合下，从太平门外沿玄武湖急进至南京城北的下关江边，以截断中**队的退路。
下午，当第三十三、第三十八联队进至下关时，长江边有大批准备渡江的中**人，江面上也有许多正在渡江的中**人。日军立即用机枪进行猛烈扫射，一时间江水被染得殷红。在长江边等待渡江的中**人有些返回南京城内，避入安全区，有些被日军射杀或俘获。接着，日军在长江边将俘获的中**人加以集体屠杀。
南京沦陷后，第十六师团根据事先制定好的计划，对南京城内及城外东郊地区进行“扫荡”。在“扫荡”过程中，第十六师团俘获了许多放下武器的中**人。
对于被俘的中国俘虏，第十六师团师团长中岛今朝吾在其日记中记述说：“败逃之敌大部进入第十六师团作战地区的林中或村庄内，另一方面，还有从镇江要塞逃来的，到处都是俘虏，数量之大难以处理......基本上不实行俘虏政策，决定采取全部彻底消灭的方针”，所谓的全部彻底消灭的方针便是杀俘。
据不完全统计，单单第16师团在南京屠杀的中国俘虏