朱载坖这么做的主要目的削弱巡抚、总督的军权，加强朝廷对于边镇军队的控制能力。
按照朱载坖准备在宣大山西实行的新军制，巡抚直接领导都指挥使，是守土有责的封疆大吏，巡抚的主要职责是守卫疆土、平息叛乱，领导布政使司、按察使司和都指挥使司推行朝廷政策，安靖地方，而总督的职责是御敌于国门之外，总督和提督的职能在这次改革中获得了明确的划分。
总督作为朝廷派出的钦差，主要的任务就是监督提督、总兵和都指挥使等各级军官，核实军籍，清查军储，监督提督、总兵等各级军官按照朝廷的指令用兵，同时负责后勤保障，转运粮秣等事情，在战时负责整肃军纪、核实军功等事情，同时对于边镇大规模的军事行动，总督有独立建议权，可以通过密疏直接向皇帝建议。
同时对于和战问题还有边镇临时出现的来不及请示的战事，总督有专断之权，提督必须接受总督的方略，但是提督才是本辖区最高军事长官，独立行使指挥权，总督只能参劾但是不能越过提督指挥总兵，临敌应变是提督、总兵的权柄，与巡抚、总督无涉，同时提督还有直接向皇帝上密疏的权力，提督、总兵主要是接受练兵军务处的指挥而非是总督和巡抚的指挥。
这点是朱载坖早就要做的，也就是朱载坖一直提的重将权，将行政权力和军事权力分开，巡抚负有守土之责，而总督更多的是对地方行政的监督，同时保障大军后勤，监督大军行动，作为朝廷的钦差，核实军籍、军功，与提督一道制定作战方略。
而提督则是作为朝廷派驻一个地域的军事长官，领带下辖的所有总兵和都指挥使，对于辖区的安全负有责任，朱载坖给总兵、提督的责任是详查敌情，先敌而动，御敌于国门之外，歼敌于旷野之间。同时明确各级军官的任免权限，一棚的小旗官由游击将军负责任命，报兵部备案即可，一排总旗官由游击将军报参将批准之后，向兵部报备即可。
而一队的百户官，则要由参将上报副将，经总兵官审核之后，由总督和提督向兵部报备，一营的千户，则由总兵官提请提督、总督审核之后，报兵部批准，而千户以上军官，由提督、总督向兵部提交名单，由兵部向练兵军务处提报，经朱载坖御批之后，方可任命，对于军官的任免权，要牢牢的控制在朝廷手中，决不能假手他人，杜绝藩镇之弊。
朱载坖命令练兵军务处将这个山西三镇整军方略以密旨的形式下达给山西三镇的总督、巡抚总兵和提督，听取他们的意见，他们认为骑兵还是也要以协为单位，一标骑兵还是太